Comparaison des différences génomiques entre les souches de Streptococcus suis sérotype 1 chez les porcs et les humains

Auteurs : Dr Marcelo Gottschalk et Dr Nahuel Fittipaldi

Lire l'article original publié le 3 avril 2023 dans Scientific Reports : https://doi.org/10.1038/s41598-023-32724-z

Streptococcus suis est un pathogène zoonotique bien connu chez les porcs, provoquant diverses infections invasives. Cependant, il peut également infecter les humains, posant ainsi un problème de santé publique croissant. Parmi les méthodes de prévention en porcherie, les autovaccins ne sont pas tous efficaces; sinon la prévention et le traitement implique l’usage d’antibiotiques alors que l’industrie porcine cherche à réduire leur utilisation. Au sein des différents sérotypes de S. suis, le sérotype 2 est le plus fréquemment associé aux infections humaines, mais d'autres sérotypes peuvent également être impliqués, dont le sérotype 1. Récemment, deux souches de Streptococcus suis de sérotype 1 appartenant au complexe clonal 1, ont été isolées en Thaïlande, l'une chez un patient humain et l'autre chez un porc asymptomatique. Cette découverte soulève des questions sur une éventuelle origine commune aux deux souches de S. suis de sérotype 1 récupérées chez les humains et les porcs, ainsi que sur leur potentiel pathogène et leur résistance aux antimicrobiens.

Avec nos collaborateurs, nous avons examiné les génomes de ces deux souches pour identifier les différences génétiques qui pourraient influencer leur virulence et leur capacité à provoquer des infections. Les résultats ont révélé que les souches appartenaient à deux groupes clonaux distincts, et différaient seulement dans une petite fraction (55 de 1926) gènes. Donc, de par leur pathotype, leur profil de gènes associés à la virulence, leur typage du génome central et leur contenu en gènes de résistance aux antimicrobiens, les deux souches appartenaient à la classification de « souches virulentes ». Cependant, contrairement à la souche porcine, la souche humaine possédait un gène de virulence codant pour une molécule produite à la surface de la bactérie, connue sous le nom d’adhésine P, ce qui pourrait expliquer sa capacité à causer des infections humaines. Sans surprise, les deux souches ont été sensibles à la pénicilline et à d’autres antibiotiques de la même famille, mais se sont avérées résistantes à la tétracycline, aux macrolides et à la clindamycine. Avec nos collaborateurs, nous avons trouvé que certaines de ces résistances étaient codées par des gènes portés par des éléments génétiques mobiles, ce qui représente un danger de transmission envers d’autres souches de S. suis et même à d’autres streptocoques. En conclusion, cette étude souligne l’importance des analyses génomiques complètes pour bien caractériser les souches de cette bactérie et cibler les interventions adéquates en santé publique vétérinaire.

Alors que les chercheurs continuent d'explorer les implications de ces découvertes, ils soulignent la nécessité de surveiller de près l'émergence de souches résistantes aux antimicrobiens, qui pourraient compromettre l'efficacité des traitements antibiotiques. En fin de compte, la diversité génétique, les caractéristiques de virulence et une meilleure compréhension de l'épidémiologie et la pathogenèse de S. suis pourraient contribuer à réduire l'incidence des infections humaines et porcines associées à ce pathogène.